Un principio general de la agricultura ecológica es que cada organismo vivo debe ser tomado en consideración: desde el más pequeño microorganismo viviente en el suelo hasta el árbol más imponente que se alce sobre él. Todo ello sin olvidar a los seres humanos. Por esta razón, cada eslabón de la cadena de suministro de los productos ecológicos se orienta a mantener, y, si es posible, incrementar, la diversidad vegetal y animal. Las prácticas que contribuyan a aumentar la biodiversidad vuelven a ser resultado tanto de una buena práctica agrícola como de la aplicación del Reglamento de la UE sobre agricultura ecológica.
Cuando el término biodiversidad se utiliza en la agricultura ecológica, no sólo significa que se cultivan más plantas y se crían más animales, sino que, además, sus variedades autóctonas crecen de modo natural. La agricultura ecológica pone especial énfasis en la conservación de especies vegetales y animales en peligro de extinción.
Muchas de las prácticas que incrementan la productividad en la agricultura ecológica influyen en el entorno incrementando la vida vegetal y animal o manteniendo la biodiversidad natural. Por ejemplo:
Los agricultores ecológicos también adoptan otras prácticas que, aunque no estén incluidas en el Reglamento, ayudan sin embargo a mantener el equilibrio natural y la biodiversidad en los alrededores de las granjas ecológicas y dentro de ellas. Entre ellas destaca:
La restricción en el uso de fertilizantes, herbicidas, pesticidas y otros aditivos sintéticos evita, además, las filtraciones potenciales en vías fluviales y los efectos negativos de la contaminación en la vida acuática. Con ello también se pone freno a la amenaza de la bioacumulación, que se produce cuando los depredadores de niveles altos en la escala trófica (como las aves rapaces) mueren por el consumo de dosis tóxicas que se han ido acumulando a lo largo de los distintos eslabones de la cadena alimenticia.
Las prácticas destinadas a mejorar el bienestar de los animales, como el pastoreo en campo abierto de aves de corral, cerdos, vacas y otros animales, es otra de las formas de promover la biodiversidad natural.
Además de todo lo dicho anteriormente, la agricultura ecológica prohíbe el uso de organismos modificados genéticamente (OMG) en la producción vegetal y animal. Esto ayuda a preservar las poblaciones de especies autóctonas, a la vez que se promueve el uso de muy diversas especies de plantas y de animales en la producción agropecuaria.
Algunos estudios han llegado incluso a demostrar que la agricultura ecológica produce menos emisiones de carbono y, de esta manera, pueden ayudar a mitigar el cambio climático. Factores que posiblemente pueden contribuir a ello son:
Un estudio del Instituto de Investigación en Agricultura Ecológica (FiBL) (en) afirma que las emisiones de gases de efecto invernadero por hectárea de terreno en sistemas agrícolas ecológicos son un 32% inferiores que las que se producen en sistemas que usan fertilizantes minerales, y un 35-37% menores que las que se dan en sistemas convencionales que emplean abonos a base de estiércol. Según el estudio, esto se debe al hecho de que la agricultura ecológica devuelve, como media, un 12-15% más dióxido de carbono al suelo que los sistemas de fertilización mineral, con lo que se aumenta, además, la fertilidad en el suelo y el contenido de humus.
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